Das verfahrenstechnische Layout aquaponischer Anlagen gleicht sich weitgehend. Sie bestehen aus den Kulturtanks für die Fische, einem Trommelsieb zur Schlammabscheidung, einem Festbettreaktor zur Nitrifikation des Hälterungswassers, einem Puffertank, der der Aquakultur und der Hydrokultur zwischengeschaltet ist, sowie den Pflanzenkulturflächen.
Aquaponik ist operativ und technologisch sehr anspruchsvoll, da Aquakultur und Hydrokultur unterschiedliche Anforderungen hinsichtlich der Wasserzusammensetzung und -temperatur aufweisen. Gegenwärtig basiert die Aquaponik weitgehend auf empirischen Erfahrungen, die auf zahlreichen Kombinationen von Fisch und Pflanzenarten und unterschiedlichen Größen bislang beschriebener Anlagen basieren.
Etwa sechs Fisch- und 120 Pflanzenarten kommen je nach klimatischen Bedingungen in Betracht. Es werden Anlagen von wenigen Quadratmetern bis hin zu 500 Quadratmetern beschrieben.