Die aktuelle Forschung beschäftigt sich noch mit der Optimierung des Zweikomponentensystem Aquaponik, da machen Ideen eines Dreikomponentensystem die Runde. In einem sogenannten tritrophischen System wollen Forschende neben der bekannten Pflanzen- und Fischzucht noch eine Insektenzucht kombinieren. Nicht verwertbare Pflanzenabfälle aus der Hydroponik sollen die Nahrungsgrundlage für die Insekten sein, die wiederum als Fischfutter dem System zugeführt werden könnten.